Кроме перечисленных основных операторов, находят применение некоторые дополнительные. К их числу относится оператор переупорядочения генов — изменения их распределения по локусам.
Назначение переупорядочения связано со свойством, носящим название эпистасис. Эпистасис имеет место, если функция полезности зависит не только от значений генов (аллелей), но и от их позиционирования. Наличие эпистасиса говорит о нелинейности целевой функции и существенно усложняет решение задач. Действительно, если некоторые аллели двух генов оказывают определенное положительное влияние на целевую функцию, образуя некоторую связку (шаблон), но вследствие эпистасиса при разрыве связки эти аллели оказывают уже противоположное влияние на функцию полезности, то разрывать такие схемы не следует. А это означает, что связанные эпистасисом гены желательно располагать близко друг к другу, т.е. при небольших длинах схем. Оператор переупорядочения помогает автоматически "нащупать" такие совокупности генов (их называют хромосомными блоками или building blocks) и разместить их в близких локусах.