Управление конфигурацией относится к важнейшим функциям PDM. Первоначальный смысл термина "конфигурация" - взаиморасположение частей. В соответствии с документом ISO 10007 "Quality management systems — Guidelines for configuration management" конфигурация изделия определяется как совокупность функциональных, эксплуатационных и физических атрибутов изделия. Управление конфигурацией включает выработку требований к основным выходным параметрам (называемых техническими требованиями или нормами этих параметров), сопоставление технических требований и получающихся значений выходных параметров, управление версиями проекта и внесением изменений в проект. Эти процедуры необходимо выполнять для обеспечения соответствия разработанного изделия потребностям пользователей, простоты модификации и сопровождения, целостности проектных данных. Управление конфигурацией актуально также тогда, когда на основе некоторой базовой модели (конструкции) изделия создаются его различные модификации.
Управление конфигурацией подразумевает разработку документации, точно описывающей конфигурацию объекта в любой момент времени на протяжении всего проекта.
Если в проект нужно внести изменения, то создается новая версия проекта, основанная на первоначальном проекте, и изменения вносятся уже в эту новую версию. Исходный вариант проекта при этом сохраняется в прежнем виде. Одна версия каждого объекта является текущей или активной версией. Если имеется несколько версий объекта, то текущей является та, которая последней подвергалась изменениям.
Например, в системе BaanPDM была принята следующая схема управления версиями. Если версия объекта создана впервые, ей назначается статус "неопределенная". Если версия объекта готова для общего доступа, ее следует занести в сборник, и затем BaanPDM назначает ей статус "готово к выпуску". Выпуск объекта делает его описание доступным для использования в других подразделениях и производства. Если кто-либо желает сделать изменения в готовой к выпуску версии объекта, он должен извлечь ее из сборника. Этой версии присваивается статус "находящаяся в процессе изменения", который показывает, что готовится новая версия, а новой версии — неопределенный статус.
В некоторых PDM были предусмотрены следующие статусы для версий документов: рабочий — версия c таким статусом находится в работе, ее можно модифицировать; принятый — именно версия с этим статусом является основой для взаимодействия частей проекта, она служит для обмена данными между объектами, ее модификации осуществляются через рабочий статус; архивный — статус, присваиваемый предыдущим сохраняемым версиям; порождаемый — статус зарезервирован для вновь создаваемых объектов, например, при синтезе проектных решений. Разработчик сам изменяет статус объектов.
Аналогично в системе PDM STEP Suite одна из версий проекта является рабочей (активной), с ней работают пользователи. Но можно обращаться и к любой другой версии. В процессе коллективной работы хранимый в БД документ, чертеж или модель могут быть взяты для дальнейшей проработки. Тогда исходная версия документа помечается как находящаяся в процессе редактирования. После редактирования созданная новая версия хранится вместе с предыдущей. При этом для каждой версии документа можно определить породившую ее исходную версию.
В PDM Teamcenter предусмотрены сохранение истории внесения изменений в проект, верификация характеристик изделия после внесения изменений, реализация наследования атрибутов базовой конфигурации и т.п.