Важной разновидностью корневых деревьев является класс бинарных деревьев, где каждый узел может иметь не более 2-х потомков. В рекурсивном варианте определения бинарное дерево состоит из корня и 2-х бинарных поддеревьев: левого и правого, причем любое из них может быть пустым. Следующий рисунок иллюстрирует изображение бинарного дерева из 8-ми узлов A, B, C, D, E, F, G, H средствами теории графов.

Рис. 1.  Изображение бинарного дерева в теории графов

Несмотря на иерархическую структуру бинарные деревья не являются подмножеством множества деревьев. Например, на следующем рисунке показаны 2 различных бинарных дерева, которые эквивалентны как корневые деревья.

Рис. 2.  Отличие корневых и бинарных деревьев

Эти бинарные деревья различны по структуре, потому что корень первого из них имеет только левый потомок, а корень второго - только правый. Однако, как деревья они эквивалентны дереву из 2-х узлов А и В, которое изображено на том же рисунке справа. В общем случае различие между корневым деревом и бинарным деревом состоит в том, что каждый узел корневого дерева может иметь произвольное число поддеревьев, в то время как любой узел бинарного дерева может иметь только 0, 1 или 2 поддерева и существует различие между левыми и правыми поддеревьями.
Несмотря на эти отличия бинарные деревья могут быть использованы для представления корневых деревьев. Возможность такого представления устанавливает следующее естественное соответствие между корневыми и бинарными деревьями. Левая ветвь каждого узла соединяет его с первым узлом следующего уровня, а правая - с другими узлами следующего уровня (братьями). Следующий рисунок демонстрирует естественное соответствие 3-х уровневого корневого дерева его бинарному представлению.

Рис. 3.  Естественное соответствие между корневым и бинарным деревьями.
Естественное соответствие между корневыми и бинарными деревьями имеет важное значение в области информационных технологий, где программирование обработки данных может быть более просто реализовано для бинарных деревьев. Классическим примером иерархической обработки данных являются алгоритмы поиска по бинарному дереву и прохождения бинарного дерева в различном порядке.