Программное обеспечение параллельных вычислительных систем разделяется на системное программное обеспечение (операционные системы) и инструментальное программное обеспечение, которое включает в себя, прежде всего, компиляторы языков программирования высокого уровня, анализаторы кода и выполнения, библиотеки прикладных программ.